长白山有由国际 A 级自然保护区组成的保存完好的原始森林，有吉林省省级自然保护区——长白山特有树种长白松构成的长白松自然保护区，还有中国最大的红松母树林原始群落，在长白山海拔 1600 -2000 米的广阔地带珍稀植物和高山花卉繁茂发育，组成的高山大花园堪称东北亚地区各山顶最具特色的自然景观。

    长白山森林生态系统是亚洲东部保存最为完好的典型的森林生态系统，为人类提供着多方面的生态服务。据统计，长白山保护区森林木材总量约7.1×108立方米，生态系统年固碳约2.11×107吨，每年减少水土流失2.83×107立方米，水资源承载能力每年约183.16×108吨，另外它还是重要的物种基因库，总体生态服务价值可相当于每年约260.63× 108元人民币。

    长白山是中国东北的“生态绿肺”，发源于长白山的图们江、松花江、鸭绿江三大水系，组成了中国东北地区的水网，全年径流量达 240 亿立方米，水力蕴藏量 347 万千瓦。区内矿泉资源十分丰富，温水泉日平均涌水量 90 吨左右，冷水泉日平均流量达 200吨。在矿产资源方面，吉林省探明储量的矿产 98 种（全国 152 种），长白山区域有 80 种。